永昌元年，徐敬业兵败后，其弟徐敬猷兄长徐敬真流放途中私自出逃，计划北投突厥，途经洛阳时，得到洛阳府官吏暗中资助。徐敬真一行人在定州被官军捕获，为免除死罪，他与同案张嗣明大肆诬告朝中百官，谎称众多官员早年暗中与徐敬业互通书信，暗藏谋反之心，魏元忠赫然名列诬告名单之首。
彼时武周酷吏政治刚刚兴起，周兴执掌刑狱，最擅长罗织谋逆大罪。周兴拿到诬告证词，不问真伪，直接将时任洛阳令的魏元忠抓捕入狱，反复严刑审讯，强行逼供，最终判定魏元忠通谋反叛，判处斩首，行刑日期定在东都闹市刑场。
昔日平定叛乱的功臣，转眼沦为阶下死囚，满朝文武无人敢出面求情，人人畏惧周兴酷刑，生怕牵连自身。魏元忠身陷牢狱，既不哀嚎求饶，也不托人奔走疏通，每日在牢中安然静坐，平静等待行刑之日。
行刑当日，东都万人空巷，百姓、官吏齐聚刑场，一同等候处决叛臣。刑场上早已横放数十具宗室囚犯尸体，都是此前被酷吏诬陷处死之人，血流满地，景象惨烈。魏元忠被押至行刑台，环顾满地尸首，从容自语：大丈夫一生，终究要有这么一遭，神色没有半分慌乱恐惧。
就在监刑官准备下令行刑之际，远处尘土飞扬，武则天派出的使者凤阁舍人王隐客快马疾驰而来，一路高声呼喊：陛下有旨，赦免魏元忠死罪！
刑场上等待处决的其他囚徒听闻赦免消息，瞬间喜极而泣，挣扎着想要起身，围观百姓也纷纷欢呼。唯独魏元忠端坐刑木之上，一动不动。左右狱卒连忙拉扯他起身避刑，魏元忠淡淡开口：未曾亲耳听闻圣旨宣读，怎知消息真假，不可随意起身。
直到王隐客抵达刑场，当众完整宣读武则天赦免圣旨，确认免去死罪、流放岭南费州，魏元忠才缓缓起身，从容叩首谢恩，脸上依旧没有狂喜，也没有半分劫后余生的怯懦，平静跟随差役踏上流放之路，在场百姓无不惊叹此人胆识气度。
武则天之所以赦免魏元忠，心中自有权衡：她清楚魏元忠平定扬州叛乱的大功，知晓所谓通谋谋反全是酷吏捏造，可彼时酷吏是她稳固皇权的工具，不能直接驳回所有诬告，只能折中处置，免死流放，既安抚酷吏集团，又保全难得的能臣。
远赴岭南蛮荒之地的魏元忠，没有沉溺失意消沉，一路观察南方山川民情、边防要塞，依旧没有丢掉当年跟随江融习得的兵家眼界。仅仅数年之后，酷吏构陷风波稍缓，武则天感念魏元忠才干，将他从岭南召回京城，重新授予侍御史，不久提拔御史中丞，重回朝堂监察核心岗位。
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可耿直的性格注定他无法安稳度日，第二次牢狱之灾、流放处分，很快再度降临。
重回御史中丞任上的魏元忠，依旧秉持铁面监察本色，弹劾贪腐、纠察权贵毫不手软，自然成了来俊臣、侯思止这群酷吏的眼中钉。长寿元年，来俊臣批量捏造谋反罪状，一次性诬告魏元忠、狄仁杰等七位朝中重臣通谋叛乱，全部打入大狱，交由酷吏侯思止审讯。
侯思止为人残暴粗俗，审讯手段阴狠歹毒，对待不认罪的官员极尽折辱。提审魏元忠时，侯思止勒令他像罪犯一样跪在地上，拖拽着他在厅堂地面爬行，逼迫他承认谋反罪名。
魏元忠不肯屈从，平静调侃自身遭遇：我时运不济，如同从驴背上坠落，被驴蹄拖拽在地，仅此而已。
这番话彻底激怒侯思止，当即下令加重刑罚，威逼魏元忠认罪伏法。魏元忠抬眼直视酷吏，毫无惧色：你想要我的头颅，直接砍下便可，休想逼我凭空捏造谋反罪名。
侯思止用尽酷刑，始终无法让魏元忠自诬，只能将审讯结果上报武则天。武则天内心清楚又是酷吏罗织罪名，不愿诛杀一众治国能臣，再次从轻处置，将魏元忠贬为涪陵令，再度流放西南蛮荒之地。
数年之后，朝野酷吏引发民怨沸腾，武则天逐步清算周兴、来俊臣、侯思止一众酷吏，尽数诛杀，曾经被诬陷流放的大臣纷纷上书诉冤，满朝文武都为魏元忠鸣不平，武则天顺势下旨，将魏元忠重新召回洛阳，官复原职，依旧担任御史中丞。
一次宫廷宴席，武则天私下询问魏元忠：你前后多次遭受诬告贬谪，屡次身陷死罪，究竟是什么缘由？
满殿官员都屏息等待魏元忠回答，有人以为他会哭诉委屈、控诉酷吏，有人以为他会自认行事鲁莽招致祸端。魏元忠坦然作答，留下流传千古的经典比喻：臣就如同山林之中的野鹿，那些整日罗织罪名陷害大臣的酷吏，便是一心狩猎的猎人。猎人想要猎杀野鹿，取鹿肉烹煮羹汤博取升迁资本，臣身为野鹿，又哪里有什么罪过？
一句话直白点破武周朝堂的扭曲规则：酷吏靠诬陷重臣换取仕途晋升，无辜大臣沦为他们升官路上的猎物。武则天听完沉默良久，无言反驳，心中更加清楚魏元忠品性坦荡，无半分私心杂念。
圣历二年，武则天正式提拔魏元忠为凤阁侍郎、同凤阁鸾台平章事，正式拜相，执掌宰相职权，同时兼任检校并州长史、天兵军大总管，统筹北方边防，防御突厥入侵，文相武职一身兼掌，成为武周朝堂举足轻重的核心重臣。
手握宰相大权的魏元忠，没有变得圆滑世故，反而更加刚直，权贵、帝王宠臣，只要触犯国法，他一律不留情面。
拜相之后，魏元忠又兼任左肃政台御史大夫、检校洛州长史，掌管东都律法治安，治理威严清明，权贵子弟、世家奴仆不敢肆意妄为。彼时张易之、张昌宗兄弟深得武则天极致宠爱，二人官居高位，家族子弟遍布朝野，家奴倚仗主子权势，在洛阳街市欺压百姓，抢夺财物，百官全都刻意避让，无人敢上前管束。