明宪宗朱见深，以“举动轻佻、礼度率略、德不称位”为由，迅速下诏废黜吴皇后，令其改居西宫。

另有说法称，太监牛玉在选后过程中，收受吴家贿赂，导致吴妙莲被立，此事东窗事发后，牵连吴皇后，导致她被废。

但是，事实上，没有任何实质证据，证明吴妙莲在选秀中作弊。

尽管明宪宗朱见深，在废后诏书中，指责司礼监太监牛玉徇私舞弊，帮助吴妙莲上位。

但是，在后续处理中，牛玉仅被发配南京守陵，并未处死或严惩，说明“舞弊”一说，只不过是废后的政治借口。

多数史料认为，?真正导致吴妙莲被废的核心原因，是她触碰了明宪宗朱见深对万贞儿的极端情感依赖?。

被废后，吴妙莲并未沉寂。

成化年间，宫女纪氏生下皇子朱佑樘，即后来的明孝宗。

为避已经被封为贵妃的万贞儿的迫害，朱佑樘被秘密抚养于安乐堂。

吴妙莲得知后，常去探望并协助照顾，对幼年朱佑樘，多有抚育之恩。

明孝宗朱佑樘即位后，感念吴妙莲的养育之情，虽然没有恢复她的皇后名分，但是，下令膳食服饰，皆按母后规格供给，给予极高礼遇。