接着，他巧妙地将自己与熊文灿的分歧，归结为“事权不一”的必然结果：

“臣每主剿，熊文灿每主抚，非臣等存心各异，实因身处之地不同，所见之势有异，而又无总揽全局者居中调度，故各执一词，皆以为国谋尔。”

这番话，将自己和熊文灿都放在了“为国谋划”的位置上，将矛盾对立淡化为因位置不同而产生的合理分歧，并把根源再次引向“缺乏总理大臣”这个核心问题。这既避免了直接攻击熊文灿，又为后面否定招抚张献忠埋下了伏笔——因为没有全局眼光的人，提出的策略可能是片面的、危险的。

然后，他才开始“客观分析”招抚张献忠的问题：

在陈述了张献忠目前困守谷城、左良玉大军合围的有利态势后，他话锋一转：

“然今有议招抚张献忠者，臣窃以为危矣。献忠，巨寇也，性狡诈，反复无常，前有诈降罗汝才、刘国能等案，殷鉴不远。今其穷蹙来归，安知非诈降以缓我师，蓄力以待时变？若允其降，则需供其粮秣，容其休养，是养痈遗患也。倘其一旦复叛，荼毒必更烈于前，剿之亦更难于今。”

他摆事实，讲道理，引用流寇屡次诈降的先例，指出招抚的巨大风险，逻辑清晰，令人信服。

最后，他使出了精心准备的“杀手锏”，将问题的性质提升到了一个新的高度：

在奏折的末尾，他用了最谦卑、最恳切的语气，仿佛是在泣血上陈：

“夫剿与抚，皆陛下之权柄，臣子惟奉旨而行，岂敢专擅？然臣……臣不得不言者，张献忠非他寇可比！凤阳皇陵，乃陛下祖陵，国家根本之所系！献忠曾掘之，此乃不共戴天之仇，人神共愤之罪！”

“伏惟圣朝以孝治天下，陛下以至仁御万方，或念其悔过，欲施宽宥。然，陛下乃天下之主，亦朱家之子孙也！若赦此毁陵之逆贼，天下人将何以视陛下？祖宗神灵将何以安？臣……臣恐伤陛下圣德，寒天下忠义之心！”

他没有直接说皇帝不能赦免，而是以“为陛下考虑”、“为圣德考虑”、“为安抚天下人心和祖宗神灵考虑”的角度，将招抚张献忠的后果提到了关乎皇帝个人威信、大明意识形态合法性的可怕高度。