进入缉毒大队后，祁同伟工作认真负责。当时国家政策规定，研究生毕业半年后渡过实习期转正，可享受副科级待遇。1993年年初，祁同伟顺利转正，凭借自身能力与政策优势，被提拔为缉毒大队下属中队长。这一晋升让他更坚定了在缉毒领域干出一番事业的决心，渴望通过立功证明自己。

成为中队长后，祁同伟全身心投入工作，积极搜集线索，策划缉毒行动。1994 年 8 月末，他带领小队深入孤鹰岭侦破制毒案。行动中，祁同伟身先士卒，不幸身中三枪。但他凭借顽强意志坚持战斗，成功完成任务。9 月初养好伤后，因其英勇表现荣获缉毒英雄称号，荣立一等功，并升任缉毒大队大队长（正科级）。此次立功使他希望借此改变命运。 9 月，祁同伟满怀期待地申请调入北京与初恋陈阳团聚，然而因与陈阳未领证结婚，不符合调动政策，申请被驳回，这对他打击巨大，心态开始发生变化。

三年的煎熬拼命在其他人的眼中就是一个笑话。

国庆假期，经历调任失败的祁同伟回到汉东大学，在现实压力与对仕途渴望的驱使下，经过痛苦挣扎，他向梁璐求婚，这一决定成为他人生重大转折点，从此走上一条为权力不择手段的道路。

1995年，24 岁的祁同伟与梁璐结婚后，凭借梁家关系及自身能力回到岩台市，升任市公安局政保科科长。在新岗位上，他努力工作，积极拓展人脉，逐渐在当地公安系统站稳脚跟，同时也完成了自己正科级的所有积累。

1996年开始以高配副处级担任岩台市岩山县公安局副局长，党委委员等，让岩山县的治安等都得到了显着变化。

7998年，以借调的名义升任京州市公安局办公室主任，实现的副处到正处的跃升。

2001年正式升任京州市公安局常务副局长，全面负责治安管理、刑事侦查等核心业务，领导开展多次专项整治行动，有效打击各类违法犯罪活动，改善京州市治安环境 。在正处级的位置上面得到了极大的巩固。

2003年调任京州市人民检察院担任常务副检察长，党组成员，分管反贪污贿赂、反渎职侵权等工作，积极推动检察业务改革创新，加强与公安机关、法院等部门的协作配合，工作经验得到了进一步的积累。

2005年，以高配副厅级出任出任林城市中级人民法院院长、党组书记，致力于提升法院审判质效，推进司法体制改革，加强法官队伍建设，推动当地司法工作规范化、现代化 。