然而，督师杨嗣昌为了推卸责任，竟然将贼寇全部驱赶入川。调离四川精锐入楚，四川巡抚邵捷春领二万老弱残兵守重庆，他所能指望的，唯有秦良玉和张令两支军队。

秦良玉设宴款待被邵捷春派去视察军营的陆逊之，“邵公不知兵。吾一妇人，受国恩，谊应死，独恨与邵公同死耳。”

秦良玉的担忧并非多余。果然，在那年的十月，张献忠在观音岩、三黄岭接连击败官军，随后从上马渡渡过长江。

秦良玉与张令急忙在竹箘坪设伏，试图挫败贼军的锐气。

然而，不幸的是，张令在战斗中英勇牺牲。秦

良玉虽然奋力救援，但未能成功。在后续的战斗中，秦良玉再次失利，她所率领的三万大军几乎全军覆没。

面对这样的败局，秦良玉没有选择逃避或放弃。她单独求见邵捷春，“事急矣，尽发吾溪峒卒，可得二万。我自廪其半，半饩之官，犹足办贼。”

但邵捷春与杨嗣昌不合，且仓库中没有现成的粮食，所以拒绝了。

秦良玉就只好叹息而归。

崇祯十六年（1643年），张献忠攻陷武昌，处死楚王朱华奎，率兵再次进犯四川，秦良玉上呈全四川形势给巡抚陈士奇，建议派兵守十三个关隘，但陈士奇不用，秦良玉又找巡按刘之勃，刘之勃同意秦良玉的计策，但是却无兵可派。

崇祯十七年（1644），此时的大明王朝已经风雨飘摇。

张献忠领大军长驱直入，再次进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。

张献忠攻下成都后，秦良玉对部下说：“我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立！”

张献忠攻陷四川，于成都称帝后派人招降四川各土司，秦良玉军事力量弱小，有建议投降的，有建议转移的，但秦良玉不肯投降反王张献忠，作《固守石砫檄文》，誓与石砫共存亡。

于是秦良玉分兵守卫石砫境，张献忠然势力庞大，却不敢靠近秦良玉守卫的石砫。

因此在秦良玉去世之前，这里始终都是明王朝的领地。