洪武二十二年（1389年）正月，朱元璋改大宗正院为宗人府，命朱棣担任右宗正。

洪武二十三年（1390年）正月，朱元璋命傅友德为大将军，率列侯赵庸、曹兴、王弼、孙恪等赴北平，训练军马，听燕王节制，以出征漠北。明军大败元军。

捷报传到京师，朱元璋高兴地说：“肃清沙漠者，燕王也！”

洪武二十四年（1391年），朱元璋命朱棣率颍国公傅友德出征，收捕番将阿失里等人。

洪武二十五年（1392年），太子朱标去世，朱元璋接受学士刘三吾的建议，立皇孙朱允炆为皇太孙，以杜绝诸王对皇位的觊觎。

洪武二十九年（1396年）三月，朱棣率军北征至彻彻儿山，擒敌将孛林帖木儿等数十人，又追击至兀良哈秃城，遇敌哈剌兀，打败敌军凯旋。

洪武三十一年（1398年）晋王死后，朱棣成为了诸王中最年长者。

朱元璋曾给朱棣一道敕谕：“朕诸子独汝才智，秦、晋已薨，系汝为长，攘外安内，非汝其谁……尔其统率诸王，相机度势，防边乂民，以答天心，以副朕意。”

命朱棣节制北平都司、行都司、辽东都司及辽府护卫兵马，令他总率诸王防备边患。

无疑，这时朱元璋已把朱棣看作维护朱家皇朝的一个支柱，对他寄予很大希望。

洪武三十一年（1398年）闰五月，朱元璋去世，皇太孙朱允炆即位，遗诏诸王在封国，不得到京师奔丧。燕王朱棣自北平去南京，因朱允炆诏令而停止。

朱允炆用齐泰、黄子澄之议削藩，不到一年时间，周王、岷王、湘王、齐王、代王先后被废。

朱棣则在加紧活动。他挑选壮士充实自己的护卫军，以勾逃军为名，收罗异人术士。表面上，朱棣藏起锋芒，假称有病， 暗中则加紧练兵。他还利用燕府崇深之便，赶制军器。