菜部二种：
生姜、葱白
果部二种：
大枣、杏仁
木部一种：
茯苓
金石部八种：
朱砂、雄黄、石膏、滑石、代赭石、磁石、赤石脂、禹余粮
虫部一种：
蜂蜜
鳞部一种：
龙骨
禽部一种：
鸡子（鸡蛋）
人部二种：
人发（血余炭）、人中白
唐慎微《证类本草》八种
菜部：
莱菔（萝卜）
木部：
秦皮
土部：
东壁土
金石部：
代赭石
虫部：
五灵脂
蝎
兽部：
牛黄
人部：
人尿
寇宗 《本草衍义》一种
兽部：
阿胶
李杲《用药法象》一种
草部：
黄芪
朱震亨《本草补遗》四种
草部：
香附
谷部：
薏苡仁
木部：
黄柏
土部：
伏龙肝（灶心土）
吴瑞《日用本草》七种
谷部：
绿豆
菜部：
葱、韭、薤（藠头）
果部：
梅、杏
兽部：
犬肉
周定王《救荒本草》三种
草部：
马齿苋
谷部：
稗子
菜部：
灰藋（灰菜）
汪颖《食物本草》一十七种
谷部：
粳米、糯米、小麦
菜部：
芥菜、苋菜
果部：
枣
禽部：
鸡、鸭、鹅、鸽、鹌鹑、雁、雉（野鸡）、乌鸦、麻雀、鸬鹚
兽部：
猪肉
宁原《食鉴本草》四种
谷部：
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荞麦
菜部：
萝卜
鳞部：
鲤鱼
兽部：
羊肉
汪机《本草会编》三种
草部：
香薷
果部：
龙眼
虫部：
蝉蜕
陈嘉谟《本草蒙筌》二种
介部：
牡蛎
人部：
人乳汁
李时珍《本草纲目》三百七十四种，草部八十六种：
甘草、黄芪、人参、沙参、荠苨、桔梗、黄精、葳蕤、知母、肉苁蓉、列当、锁阳、天麻、白术、苍术、狗脊、贯众、巴戟天、远志、淫羊藿、仙茅、玄参、地榆、丹参、紫参、王孙、紫草、白头翁、白及、三七、黄连、黄芩、秦艽、当归、芎?、蘼芜、蛇床、藁本、白芷、芍药、牡丹、木香、甘松香、山柰、高良姜、豆蔻、白豆蔻、缩砂蜜、益智子、荜茇、肉豆蔻、补骨脂、姜黄、郁金、蓬莪术、荆三棱、菊花、野菊、艾、茵陈蒿、青蒿、白蒿、茺蔚、夏枯草、刘寄奴、旋覆花、青葙、鸡冠、红蓝花、番红花、大蓟、小蓟、续断、漏芦、苎麻、大青、胡芦巴、大黄、商陆、狼毒、防葵、狼牙、藜芦、附子、天雄、侧子、漏篮子
谷部一十五种：
胡麻（即芝麻）、亚麻、大麻（火麻）、小麦、大麦、穬麦（裸大麦）、荞麦、稻（粳米、籼米等）、稷（粟米，即小米）、黍（黄米）、蜀黍（高粱）、玉蜀黍（玉米，明代后期新增）、粱（黄粱、白粱等）、大豆（含黑豆、黄豆等）、绿豆
菜部一十七种:
韭、葱、薤（藠头）、蒜、芸薹（油菜）、芥、白芥、芜菁（蔓菁）、莱菔（萝卜）、生姜、干姜、胡荽（香菜）、胡萝卜、水蕨、菠薐（菠菜）、苦荬（苦菜）、莴苣
果部三十四种:
李、杏、梅、桃、栗、枣、梨、木瓜、山楂、柰（苹果古称）、林檎（沙果）、柿、安石榴（石榴）、橘、柑、橙、柚、枸橼（香橼）、金橘、枇杷、杨梅、樱桃、银杏（白果）、胡桃（核桃）、榛、橡实、荔枝、龙眼（桂圆）、橄榄、槟榔、椰子、无花果、甘蔗、莲藕
木部二十一种:
柏、松、桂、木兰、辛夷、沉香、丁香、檀香、降真香、乌药、枫香脂、薰陆香（乳香）、没药、麒麟竭（血竭）、龙脑香（冰片）、樟脑、阿魏、芦荟、胡桐泪、黄檗（黄柏）、厚朴
服器部三十五种:
锦、绢、布、故麻鞋、屐屉鼻绳、自经死绳、灵床下鞋、死人枕席、纸、青纸、印纸、桐油伞纸、历日、钟馗、桃符、蒲席、簟、帘箔、漆器、研朱石槌、灯盏、灯盏油、车脂、败船茹、故木砧、杓、筯（筷子）、甑、锅盖、饭箩、蒸笼、炊单布、故炊帚、弊帚、簸箕舌
火部十种:
阳火（太阳真火）、阴火（灯烛之火）、桑柴火、炭火、芦火、竹火、艾火（灸火）、火针、灯火、燧火（钻木取火）
水部十一种:
雨水、潦水（雨后地面积水）、露水、甘露（甘霖）、明水（月夜取的露水）、冬霜、腊雪（腊月雪水）、雹、夏冰、神水（端午或节气日的水）、半天河（竹篱头或空树中的积水）
土部二十一种:
白垩、黄土、东壁土、太阳土、天子藉田三推犁下土、道中热土、车辇土、市门土、户限下土、千步峰、鞋底下土、柱下土、床脚下土、烧尸场上土、冢上土、桑根下土、胡燕窠土、百舌窠中土、土蜂窠、蜣螂转丸、蚯蚓泥
金石部二十六种:
金、银、锡吝脂（即黄铜）、赤铜、铜青、铅、铅霜、粉锡（铅粉）、铅丹、密陀僧、铁、钢铁、铁落、铁精、铁华粉、铁锈、玉、白玉髓、青玉、珊瑚、玛瑙、宝石、云母、白石英、紫石英、丹砂（朱砂）
虫部二十六种:
蜂蜜、蜂蜡、蜜蜂（黄蜂、土蜂等）、露蜂房、螳螂（桑螵蛸）、蚕（白僵蚕、蚕沙等）、原蚕（晚蚕）、九香虫、蚱蝉、蝉蜕、蜣螂（推粪虫）、蝼蛄、萤火虫、衣鱼（书虫）、鼠妇（湿生虫）、虻虫、蜚蠊（蟑螂）、斑蝥、芫青、葛上亭长、地胆、蜘蛛、蝎、水蛭、蛴螬、蚯蚓（地龙）
介部五种:
龟甲、鳖甲、牡蛎、蛤蜊、蚌（含珍珠）
鳞部二十八种:
龙、龙骨、龙齿、鼍龙、鲮鲤、石龙子、守宫、蛤蚧、蛇蜕、蚺蛇、白花蛇、乌蛇、金蛇、水蛇、黄颔蛇、蝮蛇、鲤鱼、鲢鱼、鳙鱼、鳟鱼、鲩鱼、青鱼、鲻鱼、白鱼、鳡鱼、石首鱼、鲥鱼、嘉鱼、鲳鱼、鲫鱼
禽部五种:
鹤、鹳、鸬鹚、鹅、雁
兽部二十三种:
豕、狗、羊、牛、马、驴、骡、驼、阿胶、黄明胶、牛黄、犀角、羚羊角、鹿、麋、麝、狐、狸、獾、兔、鼬鼠、猬、鼠
人部一十一种:
发髲、乱发、头垢、耳塞、爪甲、牙齿、人屎、人尿、人中黄、妇人月水、人胞（胎盘）